1800: Ίδρυση της Ακαδημίας των Κυδωνιών στο Αϊβαλί.
1803-1812: Κρίση στην Ακαδημία με αφορμή τη διδασκαλία του Βενιαμίν του Λέσβιου.
1812: Παραίτηση Λέσβιου και αντικατάστασή του από το Θεόφιλο Καΐρη.
1816: Απόφαση για χρήση αρχαίας ελληνικής γλώσσας στην Ακαδημία. Εξαρχαϊσμός ονομάτων ανάμεσα στους μαθητές.
1819: Ίδρυση τυπογραφείου στο Αϊβαλί στο πλαίσιο της Ακαδημίας.
1818-1820: Νέα κρίση στην Ακαδημία με αφορμή διαμάχη ανάμεσα σε εφόρους και δασκάλους.
1821: Καταστροφή Αϊβαλιού και λήξη πρώτης φάσης λειτουργίας της Ακαδημίας.
1856: Επανασύσταση της σχολής σε πλήρη λειτουργία.
1879: Η "Αγαθοεργός Αδελφότης Κυδωνιών" αναλαμβάνει τη διεύθυνση και επίβλεψη των σχολείων.
1884: Η Ακαδημία αναγνωριζεται από το ελληνικό κράτος ως ισότιμη με τα ελληνικά γυμνάσια.